澎湖设治甚早，在蒙元至元十八年（公元1281年），设澎湖巡检司，地点就在妈祖宫（天后宫）附近。明初仍沿袭巡检司后废之。至郑成功复台后设安抚司；清初又设巡检司；雍正五年（公元1727年）改设澎湖海防粮捕厅，至光绪二十一年（公元1895年）沦日为止。澎湖自清代设厅始，始有澳社之设立，当时的东西澳，时里澳及林投澳之双头挂，乌崁两社，为目前本市所辖区域。光绪十三年～十五年（公元1887～1889年）筑澎湖城（或称妈宫城），为澎湖首任总兵吴宏洛所建，故妈宫城实为一历史悠久之古城。

　日本据澎后，仍沿袭清制，至民国九年，澎湖改设郡制，设澎湖厅，改妈宫为马公街（「妈宫」地名为此时被日本人所改），马公辖区除原有东西澳、时里澳所属二十二街乡外，并将原属林投澳之双头挂及乌崁乡改并入马公街，其实本市所辖区域已有二十四街乡。（一街及二十三乡）。

　民国三十四年，台湾光复，马公街改为马公镇，区域不便，原二十四街乡并为二十一里。民国七十年十二月二十五日马公镇改制为县辖市，易名为马公市。至目前为止，全市共计三十四里六二三邻。

 

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