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| 澎湖縣有大大小小不同展示主題的博物館，可以讓遊客更了解澎湖群島的人文歷史、風土民情、漁村文化以及自然海洋資源。 |
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澎湖開拓館的前身是日治時代澎湖廳長官舍，也是台灣光復後澎湖縣長的公館，1999年(民國88年)規劃改為澎湖開拓館。開拓館有一幢典雅的日式建築及一處悠靜的庭園。館內分為八個展覽區：開拓序曲、移民路迢迢、勇闖黑水溝、聚落墾拓、烽火澎湖、西瀛風貌、閱讀澎湖以及公館沿革，是認識澎湖歷史的第一站。 |
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澎湖縣政府文化局所屬的澎湖海洋資源館是遊客了解澎湖海洋資源及漁村文化的最佳選擇。資源館分為A、B兩館。A館展示澎湖的海洋資源、海洋生物演化、珊瑚資源以及澎湖的岩石礦物資源、地質地形與潮間帶生態。B館展示海洋櫥窗、澎湖傳統的漁具、海洋牧場、漁村生活實景、漁船的演進、未來海底世界、澎湖漁業種類 、經濟性水產生物及其分佈、漁撈方法等。
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澎湖水族館位於白沙鄉岐頭村，是一座功能完善的水族館。館內主要展示澎湖群島周圍二百海哩以內的海洋生物，共分為海濱、礁岩及大洋等三個展示。館內有一條長達14公尺的海底隧道可供遊客以不同角度觀賞海中生物，是個老少咸宜的熱門景點。 |
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小門地質館位於小門風景區入口處，2001年(民國九十年)啟用，館內包含小門嶼地景模型、生態、人文、標本及澎湖群島地貌等展示區，兼顧教育與遊憩功能。對於探訪小門嶼的遊客，地質館是認識小門嶼自然及人文風貌最適合的第一站 |
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澎湖國家風景區管理處在2002年(民國91年)完成望安綠蠵龜觀光保育中心，以落實推廣保育的觀念。保育中心的設立不僅為望安綠蠵龜生態研究提供完美的研究站，且成為當地生態教育中心。全館分為六個展示區：展示大?、海鳥簡介區、綠蠵龜展示區、澎湖南海保育類生物展示區、龜與人的關係展示區以及澎湖地區南海旅遊展示區。 |
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澎湖縣政府從2001年(民國90年)開始規劃一座專屬於澎湖特色的生活博物館，內容將以當地民眾生活經驗為主，展現居民生活的方式及情感記憶。目前博物館的建築主體已大致完成，並開始進行各項內部裝修工程，預定2009年(民國98年)開館後可讓澎湖居民及遊客透過澎湖生活博物館的館藏、展示與活動，進一步了解澎湖過去與現在的常民生活。 |
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