澎湖群岛是全国唯一由火山熔岩（玄武岩）组成的岛县，因四面环海，冬天东北季风凛冽，玄武岩景观秀丽，是名副其实的「玄武岩故乡」。

澎湖群岛的玄武岩，据地质学者研究，系玄武岩熔岩多次经过地底裂隙涌出地表冷却而成的，目前已知最古老的玄武岩在望安岛的天台山，熔岩约在一千八百万年前开始流出，约在八百多万年前，最后一次于东屿坪涌出，澎湖的火山活动就全面停止迄今。

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群岛的地层在地表上都可以清楚的见到二至三层的熔岩，其地质年代属于第三纪中新世的中期至晚期，这种地层在渔翁岛上最为清晰，故称为「渔翁岛层」。

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澎湖群岛的地貌特征有三：

1.熔岩台地组成的方山地形
2.地势南北倾斜，南高北低
3.海岸线复杂：
海岸线长320公里(单位面积长度是台湾的120倍)，傲视全台，可归类为下列三种海岸面貌：
(1)海崖或碎石崖锥的海岸(2)海蚀平台或珊瑚礁的海岸 (3)沙滩或砾滩的海岸。

群岛主要的地形如下：

(1) 火山地形如：熔岩台地、岩脉、似火口穹状地。
(2)风化地形如：球状风化、猫江石、风化纹理。
(3)海蚀地形如；海蚀崖、海蚀平台、海蚀洞、海蚀拱门、海蚀柱、海蚀沟、壶穴等。
(4)其它非玄武岩的地形如：海积地形之沙洲、沙嘴、海滩（沙滩和砾滩）、陆连岛；及风积地形之沙丘；流水侵蚀之似恶地…以及散布在海岸潮间带的珊瑚礁地形等。

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澎湖群岛的地质特色有二：

岩石成分及种类

构成澎湖玄武岩的成分受铁镁元素比例略有不同而影响，可以简单分为颜色较深的碱性玄武岩，及颜色较浅的硅质玄武岩（是澎湖最普遍的玄武岩）。
若按玄武岩组织分类又可分为多孔状玄武岩，及致密状玄武岩。其它玄武岩质的岩石还有矿物较大的粗粒玄武岩（现定名为微辉长斑岩）及火山角砾岩或集块岩。

节理及种类

玄武岩最具特色的景观，是熔岩因冷却收缩后，岩体产生的五、六角形的岩柱破裂，这种破裂面称为柱状节理。此外还有板状和片状两种节理。
由于玄武岩地质地貌为全台仅有，政府于民国８４年将全县列为国家级的风景特定区

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政府于８１年依文化资产法公告下列三屿为玄武岩保留区，简介如下：

1.小白沙屿

本屿因岛南有大片白沙而得名，全岛柱状节理发达，造型特殊的塔状及弯曲状玄武岩气势磅礡，平台上更有岩脉及似火口穹状地，整岛约于１３．２百万年前涌出地表冷却形成。

2.鸡善屿

本屿由大小二岛相连，诞生于１２．２百万年前，岛上的柱状玄武岩笔直矗立海中，长短高低变化多端，气势雄伟，十分壮丽。

3.锭钩屿

本屿地势起伏变化甚大，诞生于１１．８百万年前，柱状玄武岩经海浪侵蚀后变化万千，海蚀柱成群发育，并有一线天之奇景。岩壁陡峭，人类攀爬不易，和前述二岛已成为夏季各种保育鸟类燕鸥繁殖的天堂。

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