澎湖开发极早，由史籍考据，约于隋唐之时，即有人据居。
相传，隋大业6 年，隋炀帝曾派虎贲中郎将陈棱经略澎湖。至唐中叶宪宗时，进士施肩吾率领家族迁居澎湖。

澎湖正式纳入中国版图，是在南宋孝宗干道七年，当时泉州军民纷纷度海屯戍。至于正式的设官治理，则始于元世祖至元18年再澎湖设置巡检司，隶属福建省同安县，这是澎湖行政建置的开始，也是我国在台湾省内最早设立官治的地方。
明初时，由于人民迁徙大陆，朝廷废除巡建司，澎湖遂成为海盗倭寇的巢穴。明天启2年，荷人攻取澎湖，修筑炮台，防守海道。4年，驱逐荷兰人，荷人败退后，转而占据台南。
至明永历15年，郑成功收复台湾后，澎湖变成同金门岛、厦门岛，成为台湾的一部份。

清光绪中日甲午战争，清师败北，被迫签订马关条约，台澎割让日本。民国34年，台湾光复后，澎湖正式成立县政府。
民国70年，马公镇改制为县辖市。
探寻澎湖的开发史，可知澎湖的开发早于台湾数百年，近年来考古学家发现，早在五千年前至四千年前左右，澎湖本岛和其它小岛存有『粗绳文陶文化』、『细绳文陶文化』、『素面红灰陶文化』等几个文化相，证实文化遗产之渊源流长。