澎湖群島位於台灣海峽中央，由大小六十四個島嶼所組成。由於地表平坦，地形單調，因此島上生物歧異度低，自然資源有限。然而，複雜變化的海岸地形，景觀秀麗的玄武岩，特殊的動植物資源，卻也使澎湖躍升為世界的觀光旅遊勝地。

澎湖地處東南亞候鳥遷移路線的中繼站，每年春秋過境期，總有形形色色的候鳥飛臨。其中最具特色的要算是燕鷗類了。
每年夏季在貓嶼繁殖的燕鷗超過萬隻以上。望安島更因綠蠵龜上岸產卵而舉世聞名。因此，政府於民國八十年及八十四年公告為『海鳥保護區』、『綠蠵龜產卵棲地保護區』，以保護這些珍貴的燕鷗及綠蠵龜。

北海的雞善嶼、錠鉤嶼及小白沙嶼因玄武岩景觀秀麗，也於民國八十一年公告為『玄武岩自然保留區』。
此外澎湖潮間帶、鯨豚、植物及珍貴老樹的特殊性也孕育出豐富的自然資源及歷史典故，更增添了澎湖的生命力與風采。