澎湖開發極早，由史籍考據，約於隋唐之時，即有人據居。
相傳，隋大業6 年，隋煬帝曾派虎賁中郎將陳稜經略澎湖。至唐中葉憲宗時，進士施肩吾率領家族遷居澎湖。

澎湖正式納入中國版圖，是在南宋孝宗乾道七年，當時泉州軍民紛紛度海屯戍。至於正式的設官治理，則始於元世祖至元18年再澎湖設置巡檢司，隸屬福建省同安縣，這是澎湖行政建置的開始，也是我國在台灣省內最早設立官治的地方。

明初時，由於人民遷徙大陸，朝廷廢除巡建司，澎湖遂成為海盜倭寇的巢穴。明天啟2年，荷人攻取澎湖，修築砲台，防守海道。4年，驅逐荷蘭人，荷人敗退後，轉而佔據台南。
至明永曆15年，鄭成功收復台灣後，澎湖變成同金門島、廈門島，成為台灣的一部份。

清光緒中日甲午戰爭，清師敗北，被迫簽訂馬關條約，臺澎割讓日本。民國34年，台灣光復後，澎湖正式成立縣政府。
民國70年，馬公鎮改制為縣轄市。
探尋澎湖的開發史，可知澎湖的開發早於台灣數百年，近年來考古學家發現，早在五千年前至四千年前左右，澎湖本島和其他小島存有『粗繩文陶文化』、『細繩文陶文化』、『素面紅灰陶文化』等幾個文化相，證實文化遺產之淵源流長。