澎湖群島的玄武岩，據地質學者研究，係玄武岩熔岩多次經過地底裂隙湧出地表冷卻而成的，目前已知最古老的玄武岩在望安島的天台山，熔岩約在一千八百萬年前開始流出，約在八百多萬年前，最後一次於東嶼坪湧出，澎湖的火山活動就全面停止迄今。

群島的地層在地表上都可以清楚的見到二至三層的熔岩，其地質年代屬於第三紀中新世的中期至晚期，這種地層在漁翁島上最為清晰，故稱為「漁翁島層」。

澎湖群島的地貌特徵有三：

1.熔岩台地組成的方山地形
2.地勢南北傾斜，南高北低
3.海岸線複雜：
海岸線長320公里(單位面積長度是台灣的120倍)，傲視全台，可歸類為下列三種海岸面貌：
(1)海崖或碎石崖錐的海岸(2)海蝕平台或珊瑚礁的海岸 (3)沙灘或礫灘的海岸。

群島主要的地形如下：

(1) 火山地形如：熔岩台地、岩脈、似火口穹狀地。
(2)風化地形如：球狀風化、貓江石、風化紋理。
(3)海蝕地形如；海蝕崖、海蝕平台、海蝕洞、海蝕拱門、海蝕柱、海蝕溝、壺穴等。
(4)其他非玄武岩的地形如：海積地形之沙洲、沙嘴、海灘（沙灘和礫灘）、陸連島；及風積地形之沙丘；流水侵蝕之似惡地…以及散佈在海岸潮間帶的珊瑚礁地形等。

澎湖群島的地質特色有二：

岩石成分及種類

構成澎湖玄武岩的成分受鐵鎂元素比例略有不同而影響，可以簡單分為顏色較深的鹼性玄武岩，及顏色較淺的矽質玄武岩（是澎湖最普遍的玄武岩）。
若按玄武岩組織分類又可分為多孔狀玄武岩，及緻密狀玄武岩。其他玄武岩質的岩石還有礦物較大的粗粒玄武岩（現定名為微輝長斑岩）及火山角礫岩或集塊岩。

節理及種類

玄武岩最具特色的景觀，是熔岩因冷卻收縮後，岩體產生的五、六角形的岩柱破裂，這種破裂面稱為柱狀節理。此外還有板狀和片狀兩種節理。
由於玄武岩地質地貌為全台僅有，政府於民國８４年將全縣列為國家級的風景特定區

政府於８１年依文化資產法公告下列三嶼為玄武岩保留區，簡介如下：

1.小白沙嶼

本嶼因島南有大片白沙而得名，全島柱狀節理發達，造型特殊的塔狀及彎曲狀玄武岩氣勢磅礡，平台上更有岩脈及似火口穹狀地，整島約於１３．２百萬年前湧出地表冷卻形成。

2.雞善嶼

本嶼由大小二島相連，誕生於１２．２百萬年前，島上的柱狀玄武岩筆直矗立海中，長短高低變化多端，氣勢雄偉，十分壯麗。

3.錠鉤嶼

本嶼地勢起伏變化甚大，誕生於１１．８百萬年前，柱狀玄武岩經海浪侵蝕後變化萬千，海蝕柱成群發育，並有一線天之奇景。岩壁陡峭，人類攀爬不易，和前述二島已成為夏季各種保育鳥類燕鷗繁殖的天堂。